Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, huyện Krông Năng ngày nay là một phần quận Buôn Hồ, tỉnh Darlac.

Sau năm 1975, quận Buôn Hồ đổi thành huyện Krông Búk, tỉnh Đắk Lắk.

Huyện Krông Năng được thành lập vào ngày 9 tháng 11 năm 1987 theo Quyết định số 212/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng trên cơ sở tách 6 xã: Dliê Ya, Ea Hồ, Krông Năng, Phú Lộc, Phú Xuân, Tam Giang thuộc huyện Krông Búk.

Ngày 26 tháng 1 năm 1989, thành lập các xã Ea Tóh và Ea Tam.

Ngày 27 tháng 7 năm 1999, chuyển xã Krông Năng thành thị trấn Krông Năng, thị trấn huyện lỵ huyện Krông Năng.[1]

Ngày 29 tháng 8 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định 100/2003/NĐ-CP[2]. Theo đó:

• Thành lập xã Cư Klông trên cơ sở 3.945 ha diện tích tự nhiên và 705 người của xã Dliê Ya; 3.738 ha diện tích tự nhiên và 3.331 người của xã Ea Tam
• Thành lập xã Ea Tân trên cơ sở 5.353 ha diện tích tự nhiên và 8.681 người của xã Dliê Ya.

Ngày 23 tháng 3 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 40/2005/NĐ-CP[3]. Theo đó:

• Thành lập xã Ea Dăh trên cơ sở 1.950 ha diện tích tự nhiên và 2.854 người của xã Phú Xuân, 3.274 ha diện tích tự nhiên và 2.507 người của xã Tam Giang
• Thành lập xã Ea Púk trên cơ sở 4.376 ha diện tích tự nhiên và 3.791 nhân khẩu của xã Tam Giang.

Huyện Krông Năng có 1 thị trấn và 11 xã như hiện nay.